Bueno, luego de hacer "christmasvetigation" avancé un poco.
He conseguido arrancar el Tomcat y que en la index.jsp llame a los procesos de arranque de la aplicación web, a la que previamente desactivé las llamadas al swing, para que no se vuelva loco el servidor.

El problema me viene al intentar referenciar a los archivos de configuración (en la aplicación original se encuentran en una carpeta config en la raíz de la aplicación (que se copia al jar de destino), pero como la aplicación se ejecuta en la bin del tomcat, habría que hacer una distinción de los casos según dónde se instale la app.

Otra cosa, que al desplegar en NetBeans no me crea un direcotrio en webapps del tomcat, y no sé adonde van a parar todos los ficheros de clases y demás dentro de la estructura, sin embargo, si la capeta dist que genera netbeans la copio dentro de una creada a mano en el webapps la aplicación se ejecuta pero da un error y falla (pero no puedo depurarlo por no ser el despliegue del NetBeans).

Luego estoy atascado con dos cosas:
1.- en java no se puede cambiar el direcotrio de trabajo, luego cómo referencio archivos de configuración desde la aplicación web?
2.- como puedo hacer que el despliegue del NetBeans sea más transparete?

Gracias y salu2