Otra vez, NO pongas el echo en las propiedades de TR porque va a joder toda la estructura HTML y va a venir un dinosaurio a comerse tu disco duro...
Esto fue lo que le paso a uno que intento lo mismo
<script>
var par=false;
var p;
function parpadeo() {
col=par ? 'Yellow' : 'Red';
document.getElementById('cel').style.background=col;
par = !par;
setTimeout("parpadeo()",200); //500 = medio segundo
}
function detener(){
clearTimeout(p)
}
//window.onload=parpadeo;
</script>
</head>
<body>
<table>
<tr id="cel">
<?php if($valor['bandera']==1){echo '<script type="text/javascript">window.parpadeo();</script>';} ?>
<td>Texto</td>
</tr>
</table>
</body>
</html>
Edit: Saludos xD