Hmmm... qué tal esto (debe indicar la medida despues del número 1000)?
#container{
width:1000px;
margin:0 auto;
}
En caso de elementos con posicion absoluta, puede hacer un pequeño truco para centrar (para eso usted está usando margin:auto).
#divCapa{
position:absolute;
width:600px;
height:400px;
left:50%;
margin-left:-300px;
top:50%;
margn-top:-200px;
}
Para centrar horizontalmente el margin-left es: la mitad del ancho de la capa, pero en negativo (siempre va a ser así). Lo mismo para centrar verticalmente: margin-top es igual que el alto de la capa dividido entre dos, pero en negativo. En ambos casos se debe colocar el left/top en 50%. Este centrado es perfecto..!