Lo de que las ubicaciones cambien es normal. Ya que en gnu/linux el directorio de trabajo por defecto es /var/www en cambio en Windows es probablemente en la carpeta donde esta instalado Apache (no lo se xD).

También es probable que te falten módulos.

Respecto a que no reconoce variables es posible que esos errores no te los muestre en Linux por tener el display_errors desactivado en el php.ini (viene así por defecto). En su caso serian variables no inicializadas que luego si lo llegan a hacer pero php manda un Notice.

Saludos