Probablemente porque les estás dando un margen. Piensa en esto... estás creando un bloque flexible que por defecto tendrá el 100% de ancho de la ventana del navegador, por sobre eso le añades un margen, por ejemplo de 10 pixeles por lado, quiere decir que ahora tiene un ancho de 100% más 20px adicionales. Para evitar esto debes crear un margen interno y no uno exterior y eso se logra con un padding. También puede ser que el body tiene padding y el bloque flexible tiene 100% de nacho y eso se debe sumar al padding, todo va a depender de como esté programado tu código, si no podemos ver el código fuente va a ser dificil adivinar donde está el problema.

Saludos.