bueno, si ya leiste la teoría es fácil, ya que para cifrar moves las letras hacia la derecha y para descifrar hacia la izquierda, partiendo del lugar que ocupa la primera letra y el lugar que ocupa en la secuencia ordenada de caracteres. por ejemplo si la secuencia ordenada es abcdefghijklmn etc y usando fibonacci = a = 0  b=1 ; a+b=c(1) ; a=b b=c; a+b=c  que es como 0,1,1,2,3,5 etc. hola quedaria = hpmc , h(a) sigue igual ocupa el valor 0,  la  o(b) seria el valor 1 o sea la letra + 1 = p, a+b =c que en este caso vale 1 lo que da l=m y con ese criterio la a avanza dos casillas o sea c. para descifrar se retrocede el resultado las casillas indicadas, después depende el lenguaje que uses lo programas. 

acá, sino cifraste vos hay un problema y es que no sabés el orden de la lista original que se usará para cifrar, por ejemplo pordría ser aabbcc ó cbaged etc. si el orden es aleatorio cumple finacci pero la posición de las letras de reemplazo no coincidira con la clásica abcdef etc.