Lo que podés hacer es utilizar TrueCrypt, esto lo que hace es hacer un archivo que lo podés ocultar como si fuese otro archivo y adentro tiene cifrado toda una unidad. Para ver y abrir esos archivos, tenés que montar esa unidad.
Es seguro, pero tenés que hacer que nadie pueda eliminar el container. Para eso, si utilizas un usuario con privilegios de usuario y el usuario de administrador tiene contraseña, podés darle permisos sólo al usuario administrador para borrar/ver/modificar esa carpeta utilizando las ACLs de windows. No es infalible ya que externamente se podría borrar, pero hay que acceder afuera del sistema operativo.

Un abrazo
APOKLIPTICO.