puedes expresarte mejor

Definicion de archivo: Un archivo o fichero informático es un conjunto de bits que son almacenados en un dispositivo. Un archivo es identificado por un nombre y la descripción de la carpeta o directorio que lo contiene.

luego si atendemos a esa definicion, no puede existir un archivo de datos con contenidos diferentes, puede existir un archivo de datos con el mismo nombre, contenidos diferentes, pero distinto directorio.

si lo que preguntas es que si un mismo archivo se puede cifrar dos veces, la primera vez con una contraseña y la segunda vez con otra contraseña la respuesta es si