Hola,
los hashes se utilizan meramente para la integridad, normalmente en funciones MAC. Por ejemplo cuando quieres almacenar una clave privada RSA, no lo vas a hacer en plano, sino que la cifrarás con un algoritmo simétrico. Ahora, cada vez que descifres dicha clave RSA, tienes que comprobar que el MAC del descifrado sea equivalente al MAC inicial. Esto se hace utilizando la misma passhprase para derivar una clave simétrica para la MAC. Así tendrías que generar 2 salts, el nº de its puede ser el mismo.
Si un atacante roba dicha clave RSA privada cifrada por AES-256-CBC (por ejemplo) y quiere obtener la RSA privada original, ha de probar combinaciones de claves simétricas y verificar que la MAC original equivale a la MAC computada con la clave actual. No se incluye un hash sino un MAC o una firma digital. Un claro ejemplo es el estándar PKCS12:
As described in Appendix B, the MAC key is
derived from the password, the macSalt, and the iterationCount;
as described in Section 5, the MAC is computed from the authSafe
value and the MAC key via HMAC [11] [20]. The password and the
MAC key are not actually present anywhere in the PFX. The salt
and (to a certain extent) the iteration count thwarts dictionary
attacks against the integrity password.
Ahora en los .zip, pasa lo mismo, las funciones hash se utilizan para KDF y MAC. Citando de Winzip:
The current consensus in the cryptographic community is that associating a message authentication code (or MAC) with encrypted data has strong security value because it makes a number of attacks more difficult to engineer. For AES CTR mode encryption in particular, a MAC is especially important because a number of trivial attacks are possible in its absence. The MAC used with WinZip's AES encryption is based on HMAC-SHA1-80, a mature and widely respected authentication algorithm.
Y un poco más arriba de ese texto dicen que la KDF también se basa en HMAC (sección
C. Key generation).
Un ejemplo más para terminar, el handshake WPA-PSK, es un MAC también, no lo tomes como un hash sobre la contraseña así a pelo,
Saludos.