Buenas
tengo una computadora con varias particiones y sistemas operativos(windows y linux) y quiero cifrar una carpeta del disco duro  la cual utilizo para almacenar información y no tiene sistema operativo, pero quiero poder cifrar y descifras desde cualquier sistema operativo.
¿Como puedo hacerlo?

Partition magic??
No, eso no te va a servir.
Por qué no utilizás truecrypt? Funciona tanto bajo windows como bajo linux, es gratis y muy seguro.