Te explico Lo que pasa es que tu tienes la versión antigua de nessus que funciona creo como cliente servidor te explico instalas un servidor que se encarga de realizar pruebas de seguridad una página remota que tu quieras ej: www.google.cl pero para realizar tales pruebas necesitas un cliente, herramienta que se encarga de conectar con el servidor para que haga el escaneo de vulnerabilidades

Pero lo anterior ha cambiado ahora no es necesario clientes ni servidores, ahora consiste en usar una sola herramienta que la instalas en tu máquina, es como un programa, bueno lo que hace ese programa es que trata de buscar vulnerabilidades en máquinas remotas, como mencionan arriba hay un sin fin de herramientas y estas son algunas como:

Acunetix
SSHADOW
nmap (Este no escanea las páginas como los anteriores, este se encarga de escanear la lista de puertos que posee la página abiertos ej: 80,21,8181,etc)

por empezar te recomiendo uno de los dos 1eros que te mencioné y mucha suerte

Saludos