creo q este tema esta mucho más q hablado en el foro  .. y primero si en verdad te interesa esta materia ,vas a tener que aprender los lenguajes de programación necesarios para entender el funcionamiento de la web que quieres vulnerar y poder hallar un posible error dentro de su codigo fuente.

toma te dejo el tema que esta arriba del tuyo .si lo q buscas es vulnerar webs te servira (:

http://foro.elhacker.net/bugs_y_exploits/guia_heuristica_y_explotacion_de_vulnerabilidades_bugs_y_exploits-t284627.0.html

PD:No vas a conseguir programas que te hagan el trabajo, tal vez en la red consigas algo que te facilite un poco el trabajo .