Puedes usar lo siguiente:

msfpayload opciones | msfencode opciones > salida.exe

ahora en cuanto a las opciones (me basaré solo en msfencode ya que como comentaste que ya tienes el "virus" no deberías tener problemas con las opciones de msfpayload.
Simplemente debes especificar la arquitectura, encoder (el mejor es shikata_ganai o algo así el cual es un encoder polimórfico, es decir que un mismo ejecutable tiene diferentes salidas por lo cual ayuda a evitar la detección de los AV) y especificar las iteraciones que es la cantidad de veces que se utilizará el encoder en el ejecutable. No recuerdo las opciones pero visualizando la ayuda de msfencode ya podrás poner los parámetros que te mencioné anteriormente.

Otra forma es usar msfvenom (combina msfpayload y msfencode en un solo ejecutable) lo cual te ahorra de usar tuberías/pipe saludos y suerte.

qué tal teloponeahi  bueno, lo mejor es ir por partes..  

si has generado un virus habrás tenido que configurar algunos parametros..
En alguno de ellos has tenido que meter una ip.. prueba a meter tu ip externa a ver que pasa..

y para ofuscarlo lo mejor es usar msfvenom como dice .:UND3R:.  más que nada porque los otros ya no funcionan :S