Aun tengo la curiosidad. Lo del TCP/IP es una posibilidad pero si logras abrir dicho puerto y aun tienes problemas de conexión, me gustaria que intentes conectarte a MySQL con oro lenguaje que no use el JDBC de Java (Ya que creo que las aplicaciones que descargaste usan el JDBC de Java)
Mira el siguiente codigo en C (SOlo para probar chiquito

)
#include <stdio.h>
#include <mysql/mysql.h>
int main() {
MYSQL *conn;
MYSQL_RES *res;
MYSQL_ROW row;
char *server = "localhost";
char *user = "marian";
char *password = "marian"; /* set me first */
char *database = "primaria";
conn = mysql_init(NULL);
/* Connect to database */
if (!mysql_real_connect(conn, server,
user, password, database, 0, NULL, 0)) {
fprintf(stderr, "%s\n", mysql_error(conn));
return 1;
}
/* send SQL query */
if (mysql_query(conn, "show tables")) {
fprintf(stderr, "%s\n", mysql_error(conn));
return 1;
}
res = mysql_use_result(conn);
/* output table name */
printf("MySQL Tables in mysql database:\n");
while ((row = mysql_fetch_row(res)) != NULL)
printf("%s \n", row[0]);
/* close connection */
mysql_free_result(res);
mysql_close(conn);
return 0;
};
Mueve esto a tu servidor Centos, cambiando claro esta las definiciones de las variables por las correspondientes tuyas corazon

Ya que MySQL viene con el API C integrado no requeriras descargarte nada 'extra' para compilar lo anterior.
Lo puedes compilar con el siguiente comando:
gcc -s -L/usr/lib/mysql -lmysqlclient -lz aplicacion.c
Y ejecutarlo si te conecta, entonces ya el inconveniente es con el JDBC de Java

ya que usaste una aplicacion que no usa el JDBC de Java y conecto.