Pero, ¿lo has probado para ver si funciona? ¿puedes hacer esas consultas?

Si no he leido mal lo que tu quieres, pienso que si lo hubieses planteado primero con un diagrama entidad relación (el de chen, para que no haya confusiones, el que usaste creo se llama modelo relacional) te hubiese salido automáticamente la solución a ese problema, pues no lo veo muy complejo.

A bote pronto, creo y puede que me equivoque (trataré de hacerlo sin diagrama de cheng, a cabeza tambien xD):

- En categorías deberías de tener una clave hmmm....joer, yo siempre he dicho foránea pero no se si es correcto (de "foreign key") que guardaría una clave que seria de la principal de la misma tabla, osea una relación de la tabla a si misma con la clave principal, en plan "(PK)idCategoria INT, (FK)idPadre INT".

Y luego para la tabla de documentos, hacer una tabla de relaciones (de N a N), donde la llave tendría dos campos que serian idCategoria e idDocumento.

siento no poder hacer diagrama, no tengo herramientas para ello en este momento

Espero que si no he dado con una solución, te haya orientado o dado alguna idea

Salu2!