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muy importante antes de testear, si vez que algo no funciona bien, trata de usar variables con valores ya pre-definido, osea prueba con valores estáticos.
$Padre = 0;
for( $i=0; $i<$numero; $i++ )
{
$nivel = $registro['Id'];
$registrar = "INSERT INTO estructura(Id_nivel,Id_Padre) VALUES('$nivel','$Padre')";
$Padre = $registro['Id'];
}
La funcion
mysql_fetch_array, retorna un array que contiene la información de las columnas seleccionadas.
Y le estas pasando como primer parámetro al INSERT, un array. Y encima le das el mismo valor de la variable $nivel a la variable $padre... Estarás confundido....
Te recomiendo que mires la documentación, y trata de aplicar print_r a todas las variables e array para ver que contienen hasta llegar a X punto.
Saludos.