Bien, explico un poco que sucede..!

Tengo un software administrativo que he desarrollado, y basicamente requiero que mis clientes vean la información desde sus oficinas, con tan solo acceder a mi web...! Todo está creado, el acceso a los clientes, la BD, todo..! El tema radica en que requiero cada vez subir más información a la BD de MYSQL.

Inicialmente ejecuto un DELETE FROM TABLE, para eliminar todos los registros, ya que los que subire estaran actualizados...!

El detalle es que quisiera saber si existe alguna manera de poder hacer esto sin tener que ejecutar un insert desde mi aplicativo para cada registro...! Ya que con 100 Registros, quizas no es tan notorio, pero ya con 5mil pues tardaria una eternidad.. y deseo subir todos los registros a dicha BD... Que cada dia aumentara mucho mas... Espero haberme explicado bien...! Saludos..!

Deseo ejecutar dicho proceso todas las noches, ya que es cuando los clientes no accesarian a la web... Deseo desarrollar algo desatendido, donde yo no deba meterme al equipo a realizar eso...! Espero me comprendan...!

  es exactamente lo que queria evitar...! Pues asi me tocara pasar registro por registro...! lo que se me ocurre es generar un archivo txt con todos los registros delimitados por algun caracter y luego ejecutar un proceso para subir cada registro a la web...! Pero eso a medida que pasa el time, se volvera una locura...! Imagina la cantidad de facturas que podría procesar en un par de años..! 

Bueno igual gracias por tu aporte, comenzare mi desarrollo

Pero es que no importa eso, ya que los registros pueden variar...!

La tabla maneja facturas o informacion de facturas, donde reflejo el monto de la factura, lo que han abonado y lo que han pagado...! Evidentemente que si realizan abonos, debo actualizarlas...! Las unica que ya no sería necesario subir, serían aquellas que ya fueron canceladas en su totalidad y evidentemente ya puede ser tildada como cargada en la web...! Del resto debo subirlas todas...!

Ya la web esta creada y todo esta desarrollado (El Entorno Web, acceso al cliente, etc) ..! Lo que me hace falta es subir los datos...!