la forma más facil es:

Tabla Miembros:
- id
- usuario
....


Tabla Amigos
id_m1
id_m2

donde los id_m1 y id_m2 serían los id de la tabla miembros

La idea es tener en la tabla amigo

idAmigo , como una sola columna, los registros serìan filas 

Usuarios: // todos los usuarios
user_id | name | etc...

Amistad // por cada amistad poner un user_id y el user_id del amigo.
user_id | object_id

Nota busca como maquetar un grafo en DB

Ya lo he entendido, gracias, pero ahora en esa tabla de "amistades" sería un lío al hacer las consultas, porque si fueras a listar todos los amigos de una persona cuyo ID fuera "2", ese "2" podría estar tanto en la primera columna como en la segunda. ¿no?

User_id_1	user_id_2
2	3
4	2

En esa tabla, "2" es amigo de "3", pero también de "4", y están en distintas columnas, lo que sería un lío, o eso tengo entendido.

Muchas gracias Og., he buscado lo de los grafos en DB y me he bajado incluso el Neo4J para ver qué tal me iba, ahora, mi pregunta, ¿de qué manera se puede implementar eso en una aplicación web? Porque claro, tengo mi programa en localhost y con mi db en grafo, pero no puedo hacer nada con ella, ¿o sí?

Lo otro ya lo he entendido, mi fallo es que yo no había entendido que se hacen dos registros por "amistad", de manera que todo es más fácil.

Un saludo y gracias.