Te diria que utilizes myisampack pero como ya te dijeron no podras insertar, actualizar, eliminar esos registros de esas tablas
al menos que hagas un rejuego del tema (si sabes que no insertas y actualizas o borras mucho) antes de dar uso del myisampack haces un backup logico (un Dumpeo de las tablas con mysqldump) lo mantienes guardado el archivito *.sql luego pasas myisampack sobre las tablas para que compriman y ya cuando vayas a actualizar, eliminar o insertar... tendras que eliminar las tablas y montar el backup que hiciste con el Dump, ahi modificas o eliminas o insertas lo que ibas a hacer y ya hecho, vuelves a hacer un backup (para tener los ultimos datos) y luego a comprimir con myisampack y se repite el proceso
una tarea un poco trabajosa si... pero puede hacerse y manejarse a traves de scripts para que sean mas faciles.
SObre el motor Archive, tiene esos inconvenientes (no utiliza indices
y solo puedes insertar ) muy eficiente para datawarehouse
ocupa 65% menos espacio que el tipico Myisam y al menos 75% menos espacio que el transaccional InnoDB
Puedes considerar la idea anterior, o como bien dices agrandar el espacio para MySQL o hacerle una particion unica para la metadata de MySQL
Saluditos