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Código:
SELECT e.nom_cort, bi.nombre_corto, bi.cuenta_banco, SUBSTRING(eb.fecha,1,4) AS año, eb.periodo,
(SELECT COUNT(eb2.id) FROM ecuenta_banco eb2 WHERE eb2.año = eb.año AND eb2.periodo = eb.periodo AND eb2.id_banco = eb.id_banco) as esatdo
FROM tabla1 eb
INNER JOIN tabla2 bi ON bi.id = eb.id_banco
INNER JOIN tabla3 e ON e.id = bi.id_empresa
(SELECT COUNT(eb2.id) FROM ecuenta_banco eb2 WHERE eb2.año = eb.año AND eb2.periodo = eb.periodo AND eb2.id_banco = eb.id_banco) as esatdo
FROM tabla1 eb
INNER JOIN tabla2 bi ON bi.id = eb.id_banco
INNER JOIN tabla3 e ON e.id = bi.id_empresa