Supongo que te refieres a herramientas que te hacen un diagrama de la base de datos, a parte de MySQL Workbench conozco DB-Designer, no
estoy seguro si le siguen dando soporte, pero hay un fork que tiene mucha actividad: DB-Designer-Fork.

Database Spy, también tiene buena pinta.

Si lo que quieres, es administrar una base de datos, te recomendaría Navicat, aunque disponen de versión gratuita, la de pago incorpora muchas
funcionalidades útiles.