es como que digas "siempre se ha diferenciado las personas en blancas, altas y gordas, Es decir, seguirán existiendo por separado o podría perfectamente darse el caso de que un alto que fuera gordo"

esa clasificación está en este contexto fuera de lugar y es un vago intento de tu parte por apilar un montón de cosas en unas pocas categorías... cosa que no sirve, porque estas no son excluyentes

primero, todos son virus (el plural de virus es virus)... cualquier programa que tome el control de un equipo intencionalmente sin permiso del usuario lo es... esto es una clasificación de tipo de programa según su fin

segundo, los botnets pueden ser troyanos o gusanos, botnet es un modo de funcionamiento en enjambre, esto no excluye que sea troyano o gusano

tercero, troyano es un modo de infección, es decir, como el programa llegó a la pc, si se hizo pasar por otro programa es troyano, no importa que sea una botnet, gusano o ninguno

cuarto, gusano es un modo de funcionamiento... ya no explicaré más -.- creo que se entendió el punto

perdonar esque soy muy principiante acabo de interesarme por c/c++ por su portabilidad, y tambien no tenía claro la diferencia entre ellos, pero claro como dice muy claro el troyano es un tipo de virus igual que el gusano lo unico que hace el troyano es abrir una puerta trasera pero todos son una misma cosa un virus. Eso sí no se porque la gente prefiere hacer los gusanos en visual basic cuando c/c++ es portable a otras plataformas mientras visual basic no. Pero eso ya es otro tema, gracias!

un lenguaje de programación si no es portable es una desventaja. pienso tal vez me equivoque.

Justo lo que dijo engel lex.
Creo que al decir troyano,te refieres a un RAT o un backdoor,un troyano es la forma de propagación o infestación, no se como se ha sacdo de eso,si el mismo nombre lo dice,con troyano hace referencia a el caballo de troya,que fue un sebo de los griegos para el ejército  troyano,usaron la ingeniería social por decirlo de un modo,y en eso consiste un troyano,decirle a tu amigo que se descargue un programa que sirve para hackear un fb,pero se ejecuta un binario que le deja un
backdoor,por ejemplo.
En todo lo demás,justo como dijo engel ex,es como comparar musica con animales,obviamente los troyanos,virus y gusanos tienen algo en común,pero no tiene sentido hacer esa comparación
Pd:perodn si hay faltas de ortografía,pero estoy desde una tablet,y digamos que el foro no esta muy bien optimizado y hace las pulsa iones del teclado con retraso y no sirve el auto corrector.