No hay (al menos hasta el momento que yo sepa), un concepto benigno de botnet.
Una botnet, es un montón de equipos secuestrados para uso sin conocimiento de sus propietarios... Naturalmente seguirá sin conocimiento de sus propietarios si se hace uso y no abuso...
A lo que (quizás) tu te puedas referir es a la computación distribuída a través de la red... que eso es ya otra cosa.... Ahí quien pone su equipo, lo adjunta, es decir tiene conocimiento, se baja e instala un programa del que (se supone), conoce su utilidad...
Ahí tienes el viejo SETI@Home y su sucesor BOINC... Yo participé un chorro de años en el análisi de SETI, luego me pareció, que hicieron cambios más bien orientados a otra cosa que se salía ya de mis ideas y lo dejé de lado... más tarde empezaron con BOINC, ya no solo servía el programa para el proyecto SETI, ahora también valía para muchos más proyectos, colaboré entre otros en uno de proteínas... pero finalmente cuando cambié de equipo... lo dejé estar (tenerlo encendido las 24 horas del día, consuía mucha energía en ese equipo).
Una cosa muy interesante del programa es que permite configurarlo, para que funciones sólo cuando no usas tu equipo (digamos que entra en funcionamiento igual que lo hace el salvapantallas). Así no restaba potencia a tu equipo cuando tu lo usabas... hoy con procesadores de varios núcleos, se podría hacer más cosas (que seguyro que ya las han pensado).
https://es.wikipedia.org/wiki/Berkeley_Open_Infrastructure_for_Network_Computing