Que me corrijan si me equivoco puesto que tampoco tengo mucha idea.
Deberás compilar cada parte por separado para el SO en el que vaya a correr, es decir,  el server dejaría un puerto a la escucha si va destinado a infectar  sistemas windows deberás compilarlo para windows y si el cliente lo vas a ejecutar desde linux pues deberás compilarlo para linux. A no ser que utilizes java jejejej y no es broma que yo ya lo he visto.
Saludos.