...no entiendo bien el papel que toma el firewall de windows, su funcionamiento...
Haber, el Firewall de Windows no se ocupa del sistema de archivos. El Firewall lo que hace es filtrar las conexiones entrantes y salientes de tu PC por medio de un conjunto de reglas. En tal caso por ejemplo, el archivo X infectado está tratando de conectarse a algún lugar de la red, ahí saltaría el Firewall, pero no se tomaría el papel de saltar si el archivo infecta sin necesidad de conectarse.
Y mi otra duda es si un crypter ademas de esquivar a los antivirus, esquivan al firewalll... Por ejemplo un troyano bien cifrado no me haría saltar la ventana que les dije?
En realidad sí. Eso depende de cómo tengas configurado el Firewall (o bien recuerdo, el Control de Cuentas de Usuario) en donde ajustabas el nivel de "sensibilidad" al ejecutar un archivo descargado o, ajeno.
De todas maneras si el Crypter ya no fuese FUD entonces habría una probabilidad de que el Antivirus detecte el archivo como sospechoso o malicioso.