investigando sobre MD5 dice que se puede comprobar un archivo ante de descargar para ver si esta completo, o tiene errore
Tu mismo lo has dicho, SI UN ARCHIVO ES DESCARGADO.
En todo caso lo que necesitarías en tu caso es un comprobador de CRC cheksum, no MD5.
El crc del archivo del que sospechas que está dañado, lo deberías comparar con el archivo original (Recién instalado) por ejemplo en virtualBox.

http://www34.brinkster.com/dizzyk/download/CheckCRC.zip
O su versión para usar desde la consola:
http://www34.brinkster.com/dizzyk/download/crc32.zip










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