seria bueno que indicaras tu sistema operativo

para linux y mac es
y te los deja en blanco (sin contenido)... no se si para otros SO

Exacto, siento no especificar, tengo windows 10.

El problema es que FOR /D recorre directorios, no archivos dentro de un directorio.

Mi propuesta:

utilizo pushd y popd porque sino el comando especificado en el for se aplica a la carpeta de ejecucion del bat, y no la especificada en el for. además, si tuviesemos el bat en la carpeta el mismo comando intentaría eliminarlo.

Se puede hacer con un simple búcle For evitando el uso del comando Dir para aumentar el rendimiento general del script disminuyendo el tiempo total necesario de ejecución (al evitar el inicio de dicho comando, esperar la señal de salida, y filtrar la salida en al variabe de For).
Dependiendo de las circunstancias (la cantidad de archivos) la diferencia puede ser ínfima, o considerable, pero sea como sea hay que seguir buenas prácticas de uso evitando instrucciones innecesarias:

@Echo OFF
 
Call :MakeNullFiles "C:\Directory" "png"
Pause&Exit /B 0
 
:MakeNullFiles :: %1=Directory path; %2=File extension.
If Not Exist "%~1" (
	GoTo:EOF
) Else (
	PushD "%~1"
	(For %%# In ("*.%~2") Do (
	 	Copy /Y Nul "%%~f#")
	)1>Nul
	PopD
	GoTo:EOF
) 

Saludos.