Puedes agregar una clave al registro o crear un archivo temporal, supongamos que decidas crear un archivo temporal.  El archivo bat podría realizar lo siguiente.
- Verificar si existe el archivo temporal.
- Si el archivo NO existe:
   - Se crea el archivo temporal
   - Se continua con la ejecución del bat.
   - Borrar el archivo temporal
- Si el archivo SI existe:
   - Mostrar mensaje "No se puede ejecutar...."
- Terminar bat.

Más o menos es mi idea; aunque quizá programadores más avanzados propongan verificar en memoria si esta ejecutandse el bat.

Saludos.