Bueno comentar que parcialmente he resuelto esto.
Lo que he hecho a sido que el firefox.desktop o cualquier otro lanzador de aplicación ejecute un script y en este caso el script es el siguiente:
Cuando sea cerrado firefox volvera a aparecer el panel, prefiero que sea al estar maximizado pero no se como conseguirlo, igualmente espero que esto le sirva a más gente.
Quizá esto este mejor en el subforo GNU/Linux...

Hola! Bueno pues hoy estoy de buenas y me dieron ganas de hacer el Script, me costó un poco pero aqui está, está hecho en Ruby, y funciona de la siguiente manera: Cada 5 segundos el script comprueba que no existan ventanas maximizadas, si hay ventanas maximizadas entonces pone el panel en autohide, si no hay ventanas maximizadas lo pone otra vez normal.

Bueno sin mas ni mas aquí está:

daemonw.rb:

#!/usr/bin/env ruby
 
def have_windows_maximized?
    set_bar_hide = false
 
    get_windows_state = %x[wmctrl -l -G]
    get_windows_state.each_line do |s| 
      status = s.gsub(/^[0x123456789abcdef]{10}\b /, "")
      if (status[" 0 0"] && !(status["Escritorio"] || status["Desktop"])) then
	puts status
	set_bar_hide = true
	break
      else
	set_bar_hide = false
      end 
    end
    return set_bar_hide
end
 
def set_status_bar
    if (have_windows_maximized?) then
      %x[xfconf-query -c xfce4-panel -p /panels/panel-0/autohide -s true]
    else
      %x[xfconf-query -c xfce4-panel -p /panels/panel-0/autohide -s false]
    end
end
 
loop do 
  set_status_bar
  sleep(5)
end
 

daemon.rb:

#!/usr/bin/env ruby
 
require 'daemons'
 
Daemons.run('daemonw.rb')
 

Lo que necesitas para que funcione:
1. tener instalado Ruby y rubygems
2. tener instalada la gema daemons:

su -c 'gem install daemons'

3. tener instalado wmctrl ya dependiendo de la distro ue tengas ha de estar en los repos.

Como se usa:

Debes tener los dos scripts en el mismo directorio, para iniciar el servicio o daemon lo haces así:

ruby daemon.rb start

o simplemente:

./daemon.rb start

pero debes darle entonces permisos de ejecución
y para terminarlo:

ruby daemon.rb stop

o

./daemon.rb stop

Cualquier fallo porfavor comunicalo.

Lo probé y reconoce las ventanas maximizadas, a la primer ventana que encuentra manda el comando, y si ve que no hay maximizadas lanza el unset del comando, lo probe con una entrada de gnome a falta de xfce.

Descarga de archivos:
Mediafire: http://www.mediafire.com/file/azd5rys1hbu5brh/daemon.rb.tar.gz
Hotlink: http://zeroadmin.heliohost.org/daemon.rb.tar.gz

NdP: Si la ventana está maximizada, pero se encuentra minimizada también es detectada como maximizada.

NdP2: Para instalar la gem es necesario tener instalados los paquetes de desarrollo de ruby (ruby-dev) tener preferiblemente Ruby 1.9.2, y para evitar problemas GCC.
Saludos

Bien, espero sea de ayuda. Si no te funciona por favor reportas el comportamiento presentado para corregirlo.

Saludos