YO aplico mi propia metodología, pues así me siento mas comodo (Aunque, acaba dando mas problemas a la larga)

Divido la parte de funciones del programa en 2, las principales y las auxiliares. Las principales las uso para resolver los problemas del programa, y las auxiliares para resolver los problemas de las principales.

Aunque ahroa que lo pienso, no recuerdo si este modelo está definido ya como método, leeré un poco 

es bueno combinar ambas，que necesita tanto de ellos, al menos lo que necesita saber algunos de ellos

Yo por ejemplo actualmente estoy haciendo un pequeño programita en python. Y usando POO, comencé por hacer algunos diagramas de como iba a estructurar el código, que módulos debía tener. Una vez que lo tuve, pasé a las clases del digamos núcleo del programa, la que irá a hacer todas las operaciones, en vez de hacer la interfaz gráfica que seria lo que haría en caso de hacerlo todo top-down. Tuvo razón cbug, aun proponiéndome encarar el problema a modo top-down, luego pasé a bottom-up. Osea una vez tenga hecha bien las clases y se comuniquen perfectamente, viene la GUI.