Hola! el programa anda bien, el problema es esto:

scanf("%d\n",&m);

el \n esta demas, es por eso q no te funciona... Y en el for de la funcion perfectos() inicializa i=1


Saludos

Les dejo el código que resultante, además le he incluido una función que calcula las primeras "l" parejas de números amigos. Gracias por todo:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
int suma(int n);
void perfectos(int m);
void amigos(int l);
int main(int argc, char *argv[])
{
    int l;
    int n;
    int m;
    printf("Programa que devuelve la suma de todos los divisores de un numero n, sin incluirlo\n");
    printf("Introduce el numero\n");
    scanf("%d",&n);
    printf("El resuldado es: %d\n",suma(n));
    printf("Programa que imprime los primeros m numeros perfectos\n");
    printf("Introduce m\n");
    scanf("%d",&m);
    printf("Los numeros perfectos son:\n");
    perfectos(m);
    printf("Programa que imprime los primeros pares l de numeros amigos\n");
    printf("Introduce l\n");
    scanf("%d",&l);
    printf("Los pares de numeros amigos son:\n");
    amigos(l);
 
 
 
    system("PAUSE");	
    return 0;
}  
   int suma(int n){
       int i;
       int d;
       int c;
       c=0;
       for(i=1;i<n;i++){
                        if(n%i==0){
                                   d=i;
                                   c+=d; 
                                   }
                        }
                        return c;
       }
       void perfectos(int m){
           int i;
           for(i=1;i<=m;i++){
                             if(suma(i)==i){
                                            printf("%d\n",i);              
                                            }
                             }
           }
       void amigos(int l){
            int i;
            int j;
            for(i=1;i<l;i++){
                             for(j=i+1;j<l;j++){
                                                if(i==suma(j) && j==suma(i)){
                                                              printf("%d-%d\n",i,j);
                                                              }
                                                }
                             }
            }