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P.D: ¿Funciona bien en GNU-LINUX (Por ej UBUNTU 12.04, 13.04) o tiene problemas como algunas Nvidia, sin ir mas lejos la Nvidia Geforce 8600m GT de 256 mb?
En cuanto a soporte en Linux, podrias preguntar en la sección correspondiente.
En cuanto a la eleccion de esa tarjeta, podrias comentar el presupuesto máximo que tienes? lo digo por el hecho de irte a por algo mas actual y un poco mejor.
En cuanto a la refrigeración, usa refrigeracion pasiva, aunque uno le puede hacer un apaño y ponerle un ventilador en el caso de querer tenerla más fresquita.
Saludos!!