Y como siempre me respondo sólo tras romperme la cabeza un rato.

Publico por si alguien buscaba esto...

<?php

$im = imagecreatefrompng("php.png");
$rgba = imagecolorat($im,1,1);
$alpha = ($rgba & 0x7F000000) >> 24;

var_dump($alpha);
?>

Muy bien, con eso se puede comprobar un pixel de una imagen en php, ahora ¿alguien sabe alguna librería para cálculo científico con php?

Algo que me permita manejar matrices de manera eficiente.

http://foro.elhacker.net/programacion_general/lenguaje_para_procesamiento_de_imagenes-t347759.0.html;msg1696104#msg1696104

No me gustaría tener que recurrir a openCV...