Hola foreros vengo con otra duda, pero esta vez es más para que me den consejos de perro viejo.

¿Que estructura de carpetas y ficheros usarían para un proyecto de unos 15 ficheros?

Ejemplo:
Carpetas: CSS, PHP, JS, IMG
ficheros: los .html en el / y los .php todo dentro de PHP ...

La verdad es que de esta forma que lo hago yo queda todo muy desorganizado pero es mas fácil el acceso...

Dije de ficheros carpetas por algo jeje, por si existe algo normalizado, para un proyecto como este MVC es complicarse demasiado.

Hmm no creo que exista una convencion para directorios. Aunque en la mayoria de los scripts que he visto, siempre tienen un js/css/img cuando trabajan con frontend. Por cierto, si estas usando archivos PHP que solamente los usas para ser incluidos, no necesitas servirlos a traves del servidor web.

Por ejemplo:

Root del WebServer: /var/www/public_html
Archivos PHP: /var/www/src

Puedes incluir los archivos .php desde ../src

Aunque no es siempre posible cambiar el document root y en algunos casos te encuentras con restriciones con el openbase_dir de PHP.