Hola, se puede ejectuar un SQL Script, sin necesidad de entrar a consola, lo que pasa que muchas veces no tienen instalado MySQL y necesito que se actualice la BD mediante el script y cree un Log,
yo tengo este codigo pero usa la consola,

    Private Sub BackgroundWorker1_DoWork(ByVal sender As System.Object, ByVal e As System.ComponentModel.DoWorkEventArgs) Handles BackgroundWorker1.DoWork
        Dim dgRespuesta As DialogResult
        Dim RutaMysqlContra, RutaMysql As String
        dgRespuesta = MsgBox("<¿> ¿Deseas actualizar la base de datos? <?>", MsgBoxStyle.Question + MsgBoxStyle.YesNo)
        If (dgRespuesta = Windows.Forms.DialogResult.Yes) Then
            Dim Servidor, Usuario, Bd, Puerto, Pass As String
            Servidor = Me.txtServidor.Text
            Usuario = Me.txtUsuario.Text
            Bd = Me.txtNombreBd.Text
            Puerto = Me.txtPuerto.Text
            Pass = Me.txtContraseña.Text
            Me.BackgroundWorker1.ReportProgress(50)
            Try
                If Me.txtContraseña.Text <> "" Then
                    RutaMysqlContra = Application.StartupPath & "\update.bat"
                    'Shell("""" & RutaMysqlContra & """", AppWinStyle.Hide, True)
                    Microsoft.VisualBasic.Interaction.Shell("cmd.exe /C mysql -h " & Servidor & " -u " & Usuario & " -p" & Pass & " -P " & Puerto & " -e ""source " & fbdCarpetas.SelectedPath & "\update.sql" & """ -vvv " & Bd & " > ""C:\log.txt"" ", AppWinStyle.Hide, True)
                Else
                    RutaMysql = Application.StartupPath & "\Update2.bat"
                    'Shell("""" & RutaMysql & """", AppWinStyle.Hide, True)
                    Microsoft.VisualBasic.Interaction.Shell("cmd.exe /C mysql -h " & Servidor & " -u " & Usuario & " -P " & Puerto & " -e ""source " & fbdCarpetas.SelectedPath & "\update.sql" & """ -vvv " & Bd & " > ""C:\log.txt"" ", AppWinStyle.Hide, True)
                End If
            Catch ex As Exception
                MessageBox.Show(ex.Message.ToString())
            Finally
            End Try
            Me.BackgroundWorker1.ReportProgress(100)
        Else
            MsgBox("<¡> El Usuario ha cancelado la actualizacion del programa <!>", MsgBoxStyle.Exclamation)
            e.Cancel = True
        End If
    End Sub

Gracias.

Y sí, si se puede hacer, crea una aplicacion Windows y borras todo menos el Program.cs .

Haces todo dentro del Main

Un saludo!