La diferencia es que tienes mayor facilidad o una forma mas comoda para realizar cambios a ciertas propiedades, como por ejemplo: Para cambiar el radio de una clase circulo, se hace mas facil con Propiedades que con metodos:

Propiedades

Circulo.Radio = 5;
Console.Writeline("Radio: {0}", Circulo.Radio);

Metodos

Circulo.SetRadio(5);
Console.Writeline("Radio: {0}", Circulo.GetRadio());

Es mas que nada por comodidad y fluidez.
Saludos !