StreamReader reader = new StreamReader(directorio + "\\Temas.txt");
                StreamReader readel = new StreamReader(directorio + "\\Respuestas.txt");
 
                if (aleatoriedad == 1)
                {
                    int i=0;
                    while (reader.Peek()>=0)
                    {
                        linea = reader.ReadLine();
                        mensaje = readel.ReadLine();
                        if(mensaje=="")//reinicia el puntero al inicio
                        {
                            readel.BaseStream.Position = 0;
                            readel.DiscardBufferedData();
                        }
                        MessageBox.Show("LINEA: "+linea+ "MENSAJE: "+mensaje);
                    }
                    reader.Close();
                    readel.Close();

La primera iteracion lee la primera linea de los archivos correctamente, pero luego no funciona ¿?? que pasa, es horrible programar para archivos en C#, luego se quejan de C.

Gracias socios.

Mejor comprueba la propiedad "EndOfStream" del objeto StreamReader ya que nos indica si llegamos al EOF o final del archivo.

while (!reader.EndOfStream) //Mientras no hayamos llegado al final del archivo
    Console.WriteLine(reader.ReadLine()); //Imprimos una línea

Perdona grrr pero no hables sin saber En C todo es más primitivo, otra cosa sería C++ aun así comparándolo con C# es inferior en funcionalidad nativa o "por defecto" ya que el Framework te abstrae de muchos procesos que en C++ no están implementados (se arregla descargando libs de terceros o implementando dichas funcionalidades tu mismo). Ojo que programo más en C++ que en .NET (VB/C#) pero C# por defecto te trae una gran cantidad de librerías directas para usar

Saludos.

Bueno gracias por las respuestas, si antes lo tenia asi con el EndOfStream, estuve cambiando bastante código y pensé que era fallo del bucle por eso lo cambie.

Mirad!!! Me pasa una cosa muy curiosa, como pensaba que el fallo que os voy a explicar ahora era tema del StreamReader hice el siguiente code:

FileStream readerTemas = new FileStream(directorio + "\\Temas.txt", FileMode.Open, FileAccess.Read);
            FileStream readerRespuestas = new FileStream(directorio + "\\Respuestas.txt", FileMode.Open, FileAccess.Read);do
                {
                    Random r = new Random(DateTime.Now.Millisecond);
                    URL = ""; respuesta = "";
                    do
                    {
                        caracter = (char)(byte)readerTemas.ReadByte();
                        if (caracter == '\n')
                            break;
                        URL += caracter;
                    } while (caracter != '\n');
                    do
                    {
                        caracter = (char)(byte)readerRespuestas.ReadByte();
                        if (caracter == '\n')
                            break;
                        respuesta += caracter;
                    } while (caracter != '\n');
 
                    MessageBox.Show("url: " + URL + Environment.NewLine + "respuesta:" + respuesta);

Y bien es gracioso, funciona igual que lo hacía el streamreader, con el fallo igual.

La primera ejecucion muestra la primera linea de cada archivo, la segunda muestra nada en URL, y en respuesta si hay contenido, la tercera muestra contenido en URL (el de la segunda linea) y hay contenido en respuesta respectivo a su iteracion del bucle, la cuarta URL no muestra nada, y respuesta sigue mostrandose de acuerdo a su linea.

En fin Temas.txt recoge el contenido de la linea solo en las interacciones impares, y en Respuestas.txt funciona con normalidad WTF, este error lo llevaba arrastrando de tiempo y no sabia como solucionarlo, por eso deje de lado el StreamReader y pase a filestream pero ocurre igual.

El archivo solo se usa ahi para lectura, las demas veces que se una se cierra bien y su contenido con lineas con urls, pero al leer solo le lee en impares no se porque  

Con el streamreader para solucionar ese error hice lo siguiente:

while (!reader.EndOfStream)
                {
                    j++;
                    if (j % 2 == 0)
                    {
                        linea = reader.ReadLine();
                        linea = reader.ReadLine();
                    }
                    else
                    {
                        linea = reader.ReadLine();
                    }
                    mensaje = readel.ReadLine();
                    if (linea == "" || mensaje == "")
                    {
                        break;
                    }
 

edito: en lo de C# que es dificil y tal que es mejor C, pues que queréis que os diga mirad como se abre un fichero en C 2 lineas, y en C# tambien 2 lineas pero otros tantas opciones y instancias para abrirlos que lo hacen muy engorroso todo, si fuese C no tendría estos probleas, puede que sea por desconocimiento, pero eso de using, buffers.... en fin para mi lo hace muy complejo aunque mas completo.

Gracias por estar ayudando gente <3