Pues yo despues de pasarme años probando muchos, mi elección es el
AviDemux (para tu caso).
La interfaz es similar al VirtualDub así que enseguida te familiarizas, y permite cortar videos .MP4 al vuelo (Sin recomprimir). Simplementes lo dejas todo en "copy" (Como viene por defecto) y cortas la parte del video que kieres, y luego guardas el video.
Lo recomiendo mil veces antes que otro(s), porque además de ser libre, bueno, fácil y directo, es portable.


Un saludo.