Pues tendrías que especificar que lo que vas a seleccionar es una carpeta, luego recuperar la ruta y con, por ejemplo, la clase File crear un archivo vacío. Es decir, sería algo así:

JFileChooser chooser = new JFileChosser();
chooser.setDialogTitle("Abrir fichero...");
chooser.setMultiSelectionEnabled(false);
chooser.setFileSelectionMode(JFileChooser.DIRECTORIES_ONLY);
int sel = chooser.showOpenDialog(null); //En vez de null puedes especificar una ventana para que se quede congelada a espera de que hagas la seleccion
if (sel == JFileChooser.APPROVE_OPTION) {
	File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
	String rutaCarpeta = selectedFile.getAbsolutePath();
}

De esa forma en rutaCarpeta tendrías la ruta absoluta hasta la carpeta, tan solo deberías añadir el nombre del archivo a la ruta y crear un nuevo File y llamar al método createNewFile o algo así creo recordar era. En la documentación de la clase viene todo explicado.

Saludos.