Buenoo estoy pesado hoy xD Pero no paro de buscar soluciones y cada vez tengo más dudas 

He encontrado esta solución para leer archivos desde un jar (http://stackoverflow.com/questions/4755806/file-not-found-exception-in-jar) que es utilizando la clase ClassLoader.

Pero como pone en la línea de la respuesta en la página web que he pasado, el método se llamada desde una clase que ha creado, pero no tengo ni idea de que debo poner dentro de esa clase o que debo hacer para que funcione. Por ahora lo tengo así :

public static void main(String[] args) {
 
		//File origen = new File("bin\\Archivo.txt");
		File destino = new File(".\\archivoCopiado.txt");
 
 
		try {
				InputStream in = Archivo.class.getResourceAsStream("Archivo.txt");
				OutputStream out = new FileOutputStream(destino);
 
 
		        byte[] buf = new byte[1024];
		        int len;
		        while ((len = in.read(buf)) > 0) {
		            out.write(buf, 0, len);
		        }
		        in.close();
		        out.close();
 
		} catch (FileNotFoundException e) {
			e.printStackTrace();
		} catch (IOException e) {
			e.printStackTrace();
		}
}

Y la clase "Archivo" completamente vacía.

¿Qué error te da exactamente?. El .class debe tener el mismo nombre de la clase que estás ocupando.

ya lo resolviste?