Ida para parchar puede hacer uso de plugins como keypatch, o bien habilitar las opciones guiandote con algun tutorial ejemplo de ricardonarjava
o en de algun blog
http://resources.infosecinstitute.com/applied-cracking-byte-patching-ida-pro/#grefhttp://resources.infosecinstitute.com/ida-program-patching/#grefen general el cambio de bytes en IDA es en hex
tambien puedes generar un diff(file) y luego ejecutar una sintaxis para que además de parcharlo use solo los que has difeado(diferente respecto al original)
como ves aqui.
http://marcoramilli.blogspot.com/2011/01/how-to-patch-binary-with-ida-pro.htmlen general para .net se usa reflector con deblector(permite parchar) o bien SAE(simple assembly...) o dnspy(es lo mas actual que se usa)
Saludos Apuromafo