Supongo que tu disco lo conectas via usb. Yo nunca he hecho formato a bajo nivel a un disco usb, y es porque cada fabricante usa controladoras usb a su bola. Quiero decir que no todas son iguales y cada una trata ( o no) los estandares y comandos ATA a su manera.

No te digo que es eso exactamente lo que te está pasando, pero es muy posible que tenga mucho que ver. Con esos discos, en caso de problema, yo siempre los saco de la caja y los conecto via puerto sata, como un disco normal, que es lo suyo.

Tambien puede suceder que el disco no traiga conectores sata y solo tenga el conector usb, pero eso sólo lo sabrás al abrirlo.

Saludos.