Supongo que básicamente por las herramientas: linux posee una shell mucho más completa y hay una enorme libertad cuando trabajas con él.

En el ambito del wireless windows proporciona menos soporte a los chipsets (mode monitor y sopporte inyección) solo funcionnan en mode monitor y inyección los chipset Atheros (una gran parte, no todos) y la inyección esta limitada a 300 datas-segundos.
O sea windows funcionna con poco material y con menos rendimiento que linux.