Saludetes;)
Primero: ¿Protección anticopy? ¿A qué te refieres? Que yo sepa, el win2 98 no tiene ninguna protección anti-copia... al menos reconocida. Si la tuviese, no podrían circular por ahí tantas imágenes de win2

Segundo: Cuando yo intentaba copietear el win2 98, el tostado petaba cuando trataba de grabar los .cab. Quizá te sirva de algo (no sé si a tí te ocurrirá lo mismo...)
Tercero: No sé como lo hará el alcohol, pero el clone cd no crea imágenes .iso. Las crea .img y .cue.
Cuarto: Te vuelvo a recomendar que lo intentes grabar a la menor velocidad posible. No has comentado si lo has intentado hacer así.
Quinto: Lo de las dificultades para instalar hardware con el win2 98SE... Es mejor no cebarse sobre esto. En contadas ocasiones lo he podido instalar a la primera. Si tienes problemas de configuración (y tu equipo es potentillo) prueba con el XP. De los win2, para mí, el mejor en este aspecto (y en casi todos los demás).
Espero que te sirva de ayuda;)