Contorno negro mmm no entiendo.... guardalos en .png...

Quieres hacer iconos desde cero? o simplemente recortar una imagen y guardarla como icono? Si es eso tenes que hacer un buen recorte y ya... hasle ZOOM muchas veces hasta que tengas la imagen bien vista y comienza a cortar con el lazoo tool o la goma... o el pen tool...

Entiendo lo que tu dices, ves el icono con un contorno negro por fuera, trata de crearlo en Axialis Icon Workshop o Microangelo, y entonces al contorno negro colorealo con una herramienta de color tranasparente

Para que una imagen conserver su transparencia tienes que guardarla en .gif o .png, otros formatos como .jpg o .bmp no tienen trasparencia y es por eso que aparece el fondo negro.
Si usas Photoshop, puedes guardar la transparencia simplemente quitando el fondo(borrandolo) y guardandolo en .gif/.png