Reducir de 8 bits a 5 bits, tiene como contrapartida, el aumento de tamaño. Si o si...
Si antes tenías 6bytes (de 8bits), ahora tienes 8bytes de 6bits, parcheados a 8, luego evidentemente aumenta en 2 bits cada byte.

Podría comprimirse, aunque la mayor parte de las veces, no conseguirás una reducción significativa, tal que de nuevo convertido a base64, sea merecedor del tiempo empleado en la recodificación y su obligada posterior inversa, cuando deba ser exhibida.

Si en vez de png, el formato es jpg, podrás comprimirlas algo más antes de codificarlas a base 64, pero seguramente el resultado en cuanto calidad (jpg), pudiera no convencerte, o bien si usas transparencias, sería inaceptable la pérdida...

Así que no... no hay forma de que ocupen menos. Intenta lo primero que te decía, comprimir el texto resultante tras convertirlo a base64, y luego mira si la posterior conversión a base64, disminuye significativamente.