Soporte de plugins (no necesariamente dll), soporte para scripting y hacer cosas automaticas

Y que sea controlable desde cualquier victima, es decir, que estando el "server" offline, yo me pueda loguear desde una pc infectada y controlar la red

Exactamente
Como, "centro de comando de emergencia" (?)

Pero no necesariamente deberia estar todo en un exe, todo es cuestion de imaginacion 

Que cosa? lo de actualizar de a muchos? Si, y yo mas que nada cuando pienso mi rat soñado seria con comandos no con clicks, entonces seria simplemente hacer un comando: update /all y listo xD

Lo que dice Raul esta buenisimo, no lo habia pensado, no se ni como seria ni nada, pero la idea de que una pc infectada sabiendo que esta infectada por ese troyano y sabiendo la contraseña correcta pueda manejar las otras pc estaria bueno, o dejarle tareas para que haga algo que se demore y vos no podias hacerlo porque tienes que apagar la pc, entonces al otro dia irias solo a ver los datos que guardo la pc esa, o mejor aun a tu servidor ftp los datos que envió.

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Que tienda mi cama y barra mi cuarto están hechos un...

* Gestor decente de plugins, entre una gama de los mismos.
    * Por consiguiente un plugin que emplee la red como una "P2P" es decir mandas n comando y rebota en varios clientes hasta que sedan pero que llegue al final a su destinatario, quisas siga (esto lo lo realizaria con operaciones en bits en un numero N donde X numero represente en numero el cliente final, pero solo con un Bit prendido para indicar que no a llegado a su destino y con un Bit apagado para indicar que ya ha llegado a su destino, algo así como el Bit de signo de los numeros en la PC).
* Que las conexiones no sean tan directas es decir tienes 1000 "clientes" dichos clientes pueden realizar un DDOS al sistema, esto es malo lo bueno es que se pueda emplar un plugins o un sistema interno del cliente que decida si se conecta al servidor directamente o a un cliente al cual se le pueda realizar una conexión ( tipo red neuronal ) esta opción la podría a disposición en un plugin pero que requiera otro plugin como el del sistema P2P que ya mencione.

las demás opciones para mi no tienen caso es decir administrador de servicios, registro de sistema administrador de tareas, etc, yo nunca las uso, en otras palabras para mi estarían mejor en plugins / addons separados, de esta manera crearía un cliente liviano ( tal como mi InfraExplorer hecho en vb6 que pesa solo 50kb's y con UPX 10kb's xP ).

P.D.: Mi administrador remoto trabaja totalmente con Plugins teniendo funciones muy básicas como la conexión inversa o directa administración, envio de archivos, Buscador de archivos y un sniffer entre plugins (hook's internos en el sistema que no involucran al SO, inclusive a los sockets principales.), lo malo que es solo para windows (lo estoy pasando a C para que trabaje en otros S.O.).

Dulces Lunas!¡.

No estaría mal la idea de poder explorar los archivos de la pc remota por web browser.

el RAT Apofis, programado por Thor, no solo explora los archivos de la pc, sino que también gestiona, procesos, ventanas, servicios, captura la webcam, el escritorio, también el registro del sistema.

imaginate, el cliente puede ser cualquier navegador web, es lo que mas me gusta de apofis, explora cualquier pc de donde quieras que estes, sin tener que portar ningún cliente.

Sino lo abeis probado, pues probadlo, es una pasada.

saludos...