1º - Inserta tu cd de windows sin modificar (Preferentemente, Porque a algunos windows modificados le eliminan el menú de reparación de inicio que va incluido en el cd).

2º - Bootea el cd y en el menú de microsoft busca la opción de "reparar el equipo"

3º - Primero deja que Microsoft intente repararlo automáticamente dandole a la opción, Si no lo consigue, Ejecuta una ventana de la consola (Hay una opción para eos en el menú) y escribes el siguiente comando:

PD: Reinicia el PC para que comience el escaneo intensivo de errores en el disco duro. (Dura bastante más que el que se hace por defecto.)

Suerte.