¿Por qué CCleaner tiene una opción para vacíar la papelera, si podemos eliminar la carpeta de la papelera y es más rápido?.

VMWare/VBox son aplicaciones para administrar máquinas virtuales, ¿cómo esperas que no tengan características de importación/exportación?, usemos un poco más la lógica, la pregunta que has formulado no tiene ningún sentido en mi opinión,
simplemente las aplicaciones profesionales ofrecen características para automatizar tareas, además, estás aplicaciones están pensadas para usuarios de todos los niveles, no todos van a conocer la ubicación del directorio de las VM, ni darán por hecho que puedan copiar/pegar la carpeta de una VM directamente, recurriran a la aplicación para que les haga dicha tarea, ya que cómo ya he dicho, es una característica de automatización.

Yo también siempre copio las VM directamente, pero si dices que la característica de exportar tarda más (considerablemente más, me imagino) entonces puede ser algo muy comprensible, ya que probablemente VVMWare/VBox hagan un análisis del estado de la VM antes o durante el copiado/exportación, pero si quieres conocer más detalles en profundidad sobre dicha operación de exportación... ¿por que no le formulas esa misma pregunta al soporte de VMWare/VBox?.

Saludos!